哪怕到了清朝时候，多尔衮率领八旗军队入关，由此开启了对中原地区长达200多年的封建统治。因为清朝统治阶层自身民族的缺陷和不足，以多尔衮和顺治皇帝为代表的统治阶层在面对庞大中原地区、历史悠久的汉民族文化时，不得不严格按照“明承明制”的指导思想，将明朝的相关治国制度和统治政策予以几乎全部延续。在清朝时期，得到进一步完善和明确，并受到了具体效果的司法管控制度，也被明朝很好的继承并予以了更科学、理性的完善和发展。
在充分借鉴了明朝经验的基础上，清朝将司法管控制度发展成为成熟、完备的司法制度组成部分。
明朝时期的司法体系非常庞大，从中央司法阶层到地方放政府的司法机构，其司法官员和司法机构覆盖了明朝整个国家管控体系。
中央司法机构：刑部、都察院、大理寺；
地方司法机构：省、道、府、县等各个级别地方政府的司法机构；
在明朝时期乃至大多数封建王朝，司法体系和行政体系是合二为一的，也就是说，明朝时期的各级地方官员同时也是司法体系的官员。这就是现今影视剧中我们常看到的，比如治理地方行政的知县等地方官员为什么能够审理案件，并拥有绝对的生杀大权。这和现今的行政、司法体系是绝对不同的！
但在中央朝廷层面，明朝还是有专门的司法机构和司法官员设置，行政和司法的融合仅发生在地方各级政府。
1、中央司法机构和司法官员
明朝时期，中央司法机构主要包括刑部、都察院和大理寺，也就是我们常听到的“三司”。三者各有分工，刑部负责审判，都察院负责监察，大理寺负责复核，三者以刑部为主，分工合作，共同执法。但是，三者并非是“司法独立”的机关，仅是皇帝控制下的统一的中央集权制国家机关的组成部分。
也就是说，从机构职能的设置来看，刑部、都察院和大理寺是相互制约、相辅相成的较为合理、科学、公正的中央司法机构设置，但实际上，所谓的“三司”最高控制权和制约权全部掌握在明朝皇帝的手上。刑部的审判结果、都察院的监察范围和大理寺的复核过程全部掌握在明朝皇帝手中，这就严重影响了司法的公正和神圣，但这作为封建社会皇权集中的重要组成部分，对于统治阶层管理国家、管控官吏还是有着一定积极影响。
1.1、刑部
刑部是皇帝控制下的最高司法审判机关，被称为“刑名总汇”，主要负责全国最高级别的审判和全国性的司法事务。
按照《明会典·卷五十三》记载：
刑部掌天下刑罚之政令，以赞上正万民。凡律例轻重之适，听断出入之孚，决宥缓速之宜，赃罚追贷之数，各司以达于部。尚书侍郎率其属以定议，大事上之，小事则行，以肃邦犯。
这说明刑部受理全国刑事案件，主管刑罚及监狱等政令。但若死刑案件，还须与大理寺、都察院共同审核。每年于八月间审办各省所报案件，名为“秋审”。于霜降后审办京内案件，名为“朝审”。“秋审”、“朝审”均会同“九卿”（六部尚书及都察院左都御史、通政使、大理寺卿），詹事、科、道（六科给事中及十五道监察御史）各官共同审理。
另外，凡涉及妇女旌表的案件须会同礼部同审；内外蒙古、热河都统等处有关少数民族的案件，会同理藩院审办，但所有案件均由刑部主稿。
刑部官员编制：
刑部尚书即刑部长官，设满、汉两位尚书，均为从一品官衔；
洪武元年设立满、汉左右侍郎各一人，两人均为正二品官衔，尚书、侍郎均为刑部“堂官”；
刑部堂官之下设有“司官”，分别为郎中、员外郎、主事。刑部官员法定编制为四百零七人，但实际上官吏数量远超法定人数。
各级部门都增设许多“编外”人员，称其为“额外主事”、“候补员外郎”、“学习主事”、“帮稿郎中”等等，书吏人数更是超编。
1.2、都察院
都察院的设置较早，早在建立明朝的崇德年间，设立都察院之初，就专门就都察院的职能予以了明确说明。
《明实录·太宗实录》对于这段历史予以了明确记载：
崇德元年六月，上谕：凡有政事背谬，及大臣有骄肆侵上，贪酷不法，无礼妄行者，许都察院直言无隐。即所奏涉虚，亦不坐罪；倘知情蒙蔽，以误国论。
这里对于都察院予以了“弹劾不法”的具体职能，而且还给予了都察院“所奏涉虚，亦不坐罪”的绝对职能权限。也就是说，都察院官员即使举报弹劾的事涉嫌虚假，也不会受到罪责和处罚。很明显，这是统治阶层为了凸显都察院的地位、鼓励都察院的职能发挥而给予的特殊权限，这也将很大程度的发挥都察院的作用和对官吏管控的积极影响。
明朝入关以后，皇帝又在时期的基础上，对于都察院的职能有了进一步的规定。《明实录·世祖实录》记载：
凡朝廷政事得失，民生利弊，以时条上，百官有奸贪污绩，亦得据实纠弹。
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